GMSの中では、トップの利益率を誇ってきたが、2003年度、2004年度ともに売上高、営業利益でイオンに抜かれた。また、子会社だったセブン-イレブン・ジャパンに収益力・株式時価総額で逆転されている状態で、買収の標的にされやすい状況であった（この時期、同様の状況にあったニッポン放送がライブドアによる買収の標的となっている）。
これらの改革として、2005年9月1日にセブン-イレブン・ジャパンおよびデニーズジャパンと共同で「セブン&アイ・ホールディングス」を設立し、持株会社傘下でそれぞれ対等な子会社となった。これによってセブン-イレブンからの配当収益が受けられなくなり、単独での収益改善を迫られることとなる。最高経営責任者の鈴木敏文は、この経営統合はイトーヨーカ堂の改革のためだと、持株会社発足時の会見で述べている。
また店舗看板も「セブン&アイ・ホールディングス」の図柄に変更されたが、イトーヨーカ堂のCIとしての鳩マークが廃止された訳ではなく、公式サイト内やチラシにおいては現在も引き続き併用されている。
経営統合後、不採算店舗の閉鎖が急ピッチに進められており、2006年度に入ってからも、いわき植田店（福島県いわき市）・足利店（栃木県足利市）・鹿沼店（栃木県鹿沼市）が既に閉鎖されている。また、2007年2月までに北四十二条店（北海道札幌市）・江別店（北海道江別市）・浜松駅前店（静岡県浜松市）・新潟木戸店（新潟県新潟市）を閉鎖することが決まっている。このほか、秋には小牧店（愛知県小牧市）を閉鎖することが検討されている。
